Hat der Arbeitgeber irrtümlich eine falsche Lohnabrechnung vorgenommen, so kann er zu viel einbehaltene Lohnsteuer mit der nächsten Lohnabrechnung berichtigen. In Erstattungsfällen ist der Arbeitgeber allerdings nicht gesetzlich verpflichtet, den Lohnsteuerabzug zu ändern. Dann hat der Arbeitnehmer selbst einen Erstattungsantrag beim Finanzamt zu stellen. Im Einzelnen gelten folgende Grundsätze:

1. Erstattung von Lohnsteuer durch das Finanzamt an den Arbeitgeber

a)	Hat der Arbeitgeber irrtümlich mehr Lohnsteuer abgeführt als er einbehalten hat und einzubehalten war, so kann er die Erstattung beantragen.
b)	Hat er eine zu hohe pauschale Lohnsteuer übernommen (§§ 40, 40a, 40b EStG), so steht ihm die überzahlte Lohnsteuer zu, da er sie getragen hat.
c)	Hat der Arbeitgeber einen gegen ihn gerichteten Haftungsbescheid erfolgreich angefochten, so kann er ebenfalls die zu viel entrichtete Lohnsteuer zurückfordern. Eine unmittelbare Erstattung an den Arbeitnehmer ist zulässig, wenn der Arbeitgeber zustimmt.

2. Erstattung von Lohnsteuer durch das Finanzamt an den Arbeitnehmer

a)	Zu viel gezahlte Lohnsteuer wird bei der Veranlagung zur Einkommensteuer erstattet.
b)	Der Arbeitnehmer kann auch eine Erstattung aus Rechtsgründen beantragen (§ 37 Abs. 2 AO). Dies ist z.B. möglich, wenn der Arbeitgeber zu Unrecht eine zu hohe Lohnsteuer einbehalten hat oder einen eingetragenen Freibetrag nicht beachtet hat oder von der Gemeinde rückwirkend eine günstigere Steuerklasse auf der Lohnsteuerkarte eingetragen wird. Wird dem Arbeitnehmer in diesen Fällen die zu viel gezahlte Lohnsteuer nicht vom Arbeitgeber erstattet, so kann er innerhalb der Verjährungsfrist von 4 Jahren beim Finanzamt einen Erstattungsantrag stellen. Dies ist jedoch nicht mehr möglich, wenn bereits eine Einkommensteuerveranlagung (Antrags- oder Pflichtveranlagung) durchgeführt wurde (BFH, 12.10.1995 - I R 39/95, BStBl II 1996, 87).
c)	Eine Erstattung von Lohnsteuer ist aus Billigkeitsgründen möglich, wenn sich der Arbeitnehmer in einer unverschuldeten existenzbedrohenden wirtschaftlichen Notlage befindet oder die Erhebung der Lohnsteuer aus anderen Gründen eine unbillige Härte darstellt (§ 227 AO). Dieser Regelung kommt jedoch praktisch kaum Bedeutung zu.